Genotipagem e caracterização molecular dos vírus Chikungunya diagnosticados em casos de doenças neuroinvasivas voltar para a edição atual

O vírus chikungunya (CHIKV) é um arbovírus causador de uma doença febril aguda caracterizada por grave e debilitante poliartralgia, podendo ter manifestações atípicas como complicações neurológicas. Nestes casos, o espectro clínico entre adultos e as crianças têm sido semelhantes. Além das formas clássicas poliartralgicas, no Laboratório de Flavivírus tem-se diagnosticado casos de CHIKV em casos apresentando manifestações neurológicas graves em adultos e crianças, tais como quadros de encefalites e síndrome de Guillain Barré. O CHIKV possui três genótipos distintos - Oeste Africano, Asiático e o Leste Centro Sul Africano (ECSA) e uma linhagem descendente do genótipo ECSA - Linhagem Oceano Índico – IOL. Estudos filogenéticos no Brasil demonstrou a presença dos genótipos Asiático e ECSA, introduzidos no país quase simultaneamente a partir das regiões norte e nordeste, respectivamente. No estado do Rio de Janeiro foi identificado o genótipo Asiático em casos importados em 2014 e 2015, porém a circulação do genótipo ECSA em casos autóctones foi descrita a partir do no ano de 2016. Atualmente, o genótipo ECSA tem sido reportado como o prevalentemente no país. O reconhecimento dos genótipos circulantes, possíveis variantes genotípicas e mutações no genoma viral, possui grande relevância no monitoramento de possíveis cepas mais virulentas, podendo auxiliar na adoção das medidas de controle. Constitui também um componente essencial para o entendimento da epidemiologia da doença, caracterizando fatores que levam à transmissão e dispersão viral. Neste estudo, temos o objetivo de realizar a caracterização molecular e genotipagem dos CHIKV de pacientes com manifestações neurológicas, comparando-os à cepas encontradas em pacientes sem manifestações neurológicas, almejando identificar possíveis mutações que poderiam estar associadas às diferentes manifestações clínicas dos pacientes, podendo atuar como marcadores moleculares de gravidade neurológica, através do sequenciamento genômico e ferramentas de bioinformática. Para tal, amostras de soro e/ou LCR de pacientes com manifestações neurológicas serão analisadas e comparadas às cepas encontradas em pacientes sem tais manifestações. Até o momento, das 22 amostras selecionadas, o RNA viral de seis amostras foram extraídos com o QIAmp Viral Mini Kit (QIAGEN, Inc., Valencia, EUA), de acordo com o protocolo descrito pelo fabricante. Após testes com kits de amplificação distintos, os fragmentos do genoma viral serão reversamente transcritos e amplificados através da transcrição reversa seguida da reação em cadeia da polimerase (RT-PCR) com o kit Qiagen Onestep RT-PCR para posterior sequenciamento genômico (plataforma Miseq, Illumina); para a caracterização molecular, a análise e edição das sequências nucleotídicas serão realizadas com o programa BioEdit e o alinhamento com o MAFFT. O programa MEGAX será utilizado para construção do banco de sequências para a caracterização molecular, tanto de nucleotídeos quanto de aminoácidos. A genotipagem será realizada pela ferramenta online Genome Detective virus e análise filogenética por ma?xima verossimilhanc?a (ML) com o IQ-TREE, sendo as árvores visualizadas com o Figtree.