Avaliação dos casos de infecção intradomiciliar por Sars-Cov-2 no município de Porto Velho/ROvoltar para a edição atual

1. JUSTIFICATIVA E RELEVANCIA O SARS-CoV-2, vírus causador da COVID-19 é composto por material genético de RNA de fita positiva (CASCELLA et al., 2022). Sua transmissão ocorre por meio de gotículas de aerossóis, por isso é facilmente disseminado, causando infecções no trato respiratório (KUTTER et al., 2018). Ademais, estudos realizados na China, mostraram que a maior taxa de transmissibilidade do SARS-CoV-2 aconteceu em contatos intradomiciliares (HU et al., 2021), mesmo com a prevenção sanitária sendo realizada para impedir a disseminação do vírus, os grupos familiares não conseguem driblar a contaminação, assim tornando-se grupos susceptíveis à infecção. No ambiente familiar, o infectado tem contato direto com os seus parentes (FUNG et al., 2021), isso favorece a transmissibilidade e infectividade do SARS-CoV-2 (LI et al., 2020). 2. OBJETIVO 2.1 Objetivo geral Avaliar os casos de infecção intradomiciliar por SARS-CoV-2 no município de Porto Velho/RO. 2.2 Objetivos específicos ? Caracterizar o perfil epidemiológico da população de estudo; ? Determinar a carga viral do SARS CoV-2; ? Realizar Multiplex RT-qPCR para triagem de Variantes de Preocupação de SARSCOV-2; ? Identificar as mutações virais e a diversidade genética dos isolados; ? Realizar análises filogenéticas nas amostras sequenciadas; ? Correlacionar os resultados obtidos. 3. METODOLOGIA 3.1 Aspectos éticos O estudo foi aprovado pelo Comitê de Ética em Pesquisa do Centro de Pesquisa em Medicina Tropical de Rondônia-CEPEM/RO sob parecer Nº 4.637.465. 3.2 População e local de estudo O estudo será realizado em parceria estabelecida entre o Laboratório de Virologia Molecular da FIOCRUZ/RO com Laboratório de Virologia do Instituto Leônidas e Maria Deane, FIOCRUZ/AM e Centros de referência para COVID-19. Participarão deste estudo 200 indivíduos de ambos o sexo, com diagnóstico molecular positivo para COVID-19, com Ct ? 25 na reação de RT-qPCR e que assinarem o TCLE. 3.3 Amostras biológicas As amostras biológicas serão coletadas pela técnica de swab nasofaríngeo em unidades de saúde, hospitais e centros de referência de diversos municípios do estado de Rondônia e encaminhados para o Laboratório de Virologia Molecular da Fiocruz/RO para a avaliação dos aspectos virológicos. 3.4 Dados Epidemiológico e Método de rastreamento das famílias A coleta de dados epidemiológicos será realizada por meio de prontuários eletrônicos disponíveis em banco de dados: GAL, E-SUS e SIVEP-Gripe. 3.5 Extração de RNA viral e determinação da carga viral O RNA viral será isolado a partir de 200 ?L de amostra biológica usando o QIAamp Viral RNA Mini Kit (QIAGEN®, Hilden, Alemanha) de acordo com as instruções do fabricante. A carga viral será determinada por Multiplex One-Step RT-qPCR quantitativo desenvolvido por Queiroz e colaboradores (QUEIROZ et al., 2021). 3.6 RT-qPCR para triagem de Variantes de Preocupação (VOC) de SARS-COV-2 3.6.1 VOC Gamma, Alfa e Beta Para triagem das VOCs Gama, Alfa e Beta, foi utilizado o protocolo de Multiplex RT-qPCR de Vogels e colaboradores (VOGELS, 2021). 3.6.2 VOC Delta O teste de inferência será realizado utilizando os primers para VOC Delta descrito por Yaniv e colaboradores com modificações (YANIV et al., 2021). 3.6.3 VOC Ômicron O teste de genotipagem para VOC Ômicron utiliza dois alelos, alelo de mutante detectado pelo corante FAM (K417T) e alelo de referência detectado pelo corante VIC (K417N) (Thermofisher). 3.7 Sequenciamento As amostras que amplificarem no ensaio Multiplex One-Step RT-qPCR com Ct ? 25 serão sequenciadas em colaboração com o Laboratório de Virologia do Instituto Leônidas e Maria Deane FIOCRUZ/AM, utilizando a plataforma de Sequenciamento de Nova Geração (NGS). 3.8 Análise de mutação As análises de mutações serão realizadas utilizando três softwares: o Pangolin, Next Clade e o Outbreak. 3.9 Análise filogenética Serão previamente coletadas sequências de genoma completo de SARS-CoV-2 depositadas no Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID). Estas serão alinhadas conjuntamente com aquelas obtidas da população de estudo através do algoritmo MAFFT (KATOH; ROZEWICKI; YAMADA, 2018). 3.10 Análise estatística As análises estatísticas serão realizadas utilizando o software R v4.0.3. As avaliações serão realizadas com Intervalo de Confiança de 95% e valor de p <0,05 serão considerados estatisticamente significativo