Análise do impacto da cART iniciada na fase crônica recente da infecção pelo HIV-1 na diversidade do reservatório viralvoltar para a edição atual

Apesar dos esforços da comunidade científica na busca da cura da aids, esta só foi alcançada duas vezes. O vírus persiste primariamente com genoma latente em células T CD4+ de longa memória e em nível menor em células T CD4+ naive fazendo estas, parte do reservatório viral o qual é mantido devido a expansão clonal das células e por vírus replicantes, principalmente em tecidos linfoides em que a cART não tem alcance. A cura funcional da infecção pelo HIV mais estudada é o início precoce da cART durante a infecção aguda pelo HIV. Esta parece ser a mais eficiente na redução do tamanho e complexidade do reservatório proviral associado às células mononucleares do sangue periférico, preservando a imunidade de mucosas e, ainda limitando a depleção de linfócitos T do trato gastrointestinal e a semeadura do reservatório do HIV, no entanto, esta não erradica o vírus. Alguns trabalhos evidenciam a remissão do HIV em indivíduos denominados controladores pós-tratamento, que apresentaram controle imunovirológico durante um período após interrupção da cART iniciada durante a infecção primária. A frequência de detecção deste fenômeno é baixa e incerta, no entanto, estudos vêm evidenciando que esta característica vem sendo obtida em maior frequência em indivíduos que iniciam a terapia precocemente quanto comparados aqueles que iniciam na fase crônica da infecção pelo HIV. E o tamanho dos reservatórios do HIV parece ser crucial para o controle bem-sucedido da replicação viral após suspensão da terapia. Diante deste fato, consideramos estratégico o estabelecimento da primeira coorte nacional de indivíduos diagnosticados e tratados na fase primária da infecção e seu acompanhamento. Assim, o presente projeto visa avaliar o impacto da cART iniciada na fase crônica recente da infecção pelo HIV-1 na diversidade do reservatório viral. Foram incluídos 82 indivíduos no estudo, sendo 32 indivíduos com infecção aguda pelo HIV-1 (Fiebig II-V), 31 indivíduos com infecção crônica recente pelo HIV-1 (Fiebig VI), e os demais ainda sem classificação de Fiebig. Destes, avaliaremos os reservatórios de células mononucleares do sangue periférico de dez indivíduos crônicos recentes nas visitas D0 (inclusão no estudo e início da cART) e M12 (meses após início da cART). As quasispecies de HIV-1 serão obtidas por diluição limite do DNA, seguida de nested PCR com da região de C2-V3 do gene env. Será considerando uma distribuição de Poisson, onde aproximadamente 30% dos amplicons são positivos, para que uma única molécula seja amplificada em cerca de 80% do tempo. Realizaremos aproximadamente 100 amplificações por indivíduo/visita para obtermos aproximadamente 10 clones por amostra/por visita. As sequências serão montadas e editadas usando o software SeqMan 7.0. As árvores filogenéticas de máxima verossimilhança serão reconstruídas com o programa PhyML 3.0. A complexidade da população viral intra-hospedeiro será avaliada através de duas medidas de diversidade, a diversidade média de nucleotídeos e a entropia de Shannon normalizada. O tropismo viral da quasispécie será previsto com base na sequência de aminoácidos da região V3 através do algoritmo Geno2pheno (disponível em http://coreceptor.geno2pheno.org) com taxa corte com taxa de falsos positivos (FPR) de 10% para classificação de sequências em vírus CCR5 ou não-CCR5 trópicos. As sequências do gene Pol (Protease/Transcriptase reversa) foram obtidas na entrada das amostras biológicas desses indivíduos no projeto visando a verificação de mutações de resistência aos antirretrovirais. Dos 84 indivíduos inclusos no projeto, para 11 não foi realizado o PCR e sequenciamento, sendo possível realizar a amplificação e sequenciamento de 73 indivíduos para essa região. Diante da disponibilidade dessas sequências no laboratório, foi realizada a análise filogenética e, dessa análise, 33 sequências foram classificadas como subtipo B (45%), 2 classificadas como subtipo D (2%), 3 como subtipo F1 (4%), 1 como subtipo A1 (1%) e 11 como subtipo C (15%). Para as demais 18 sequências estamos realizando a análise filogenética com sequências representativas dos CRFs BC e BF circulantes no Brasil assim como a análise de bootscan para verificar se alguma apresenta perfil igual à dos CRFs ou se essas serão classificadas como URFs. Tendo em vista a epidemiologia molecular do HIV no estado do Rio de Janeiro, foram detectados os subtipos majoritários B, C e F1, porém estes não se encaixaram na proporção normalmente detectados em estudos anteriores de epidemiologia, já que o subtipo B possui uma proporção maior (aproximadamente 80%) que a encontrada no presente estudo e o subtipo C (aproximadamente 5%) que apresenta uma proporção menor que a detectada.