Estudo via simulação de Dinâmica Molecular do complexo formado entre o scFv e a proteína de membrana CD22, avaliando uma mutação no scFv em relação ao ganho de afinidadevoltar para a edição atual

Os CARs são moléculas de proteína recombinante que podem ser expressas em células imunológicas, especificamente em linfócitos T, por meio de métodos de tecnologia do DNA recombinante (1). O CAR possui a função de redimensionar a ação dos linfócitos T contra células alvo, como células cancerígenas, as quais possuem em sua superfície um antígeno específico (2). De uma forma geral, os CARs são constituídos por três domínios ou porções, conforme a Figura 1, que mostra as diferentes gerações de CAR, sendo o mais usado o de segunda geração. Importante destacar que o domínio extracelular contém um fragmento variável de cadeia única (scFv) e o hinge. O scFv é formado pelas porções VL e VH (domínio variável da cadeia leve e pesada) de um anticorpo monoclonal (mAb) e um linker; e é responsável pelo reconhecimento ao antígeno expresso pela célula cancerígena (3). O scFv é o ponto focal dessa proposta, mas é necessário estudar a interface scfv/Cd22. Em geral, o CAR anti-CD22 aprovado para testes clínicos (NCT02588456, NCT02650414 e NCT02315612) utiliza um scFv em sua porção extracelular proveniente do mAb M971 (4). Nesses testes clínicos os CARs anti-CD22 que utilizam scFvs derivados de M971 tem conectados entre domínios VH e VL do scFv de M971 um linker curto (GGGGS) e longo (GGGGS)4, sendo o scFv de linker curto o que possui maior afinidade pelo receptor CD22, uma vez que o linker curto nesse scFv proporciona a formação de nanoclusters. De acordo com o trabalho desses pesquisadores, a mutação Y52R aumentou a afinidade de ligação do complexo scFv-CD22 em 5 vezes (KD = 5 nM). O aumento na afinidade observado torna a mutação Y52R promissora para aplicação em scFvs de CARs anti-CD22 e CARs Bi específicos anti-CD19/CD22. Existem duas principais técnicas computacionais que objetivam estimar a afinidade de ligação, são elas: técnica de Mecânica Molecular de Poisson-Boltzmann com Solvatação da Área de Superfície (MM/PBSA) e método de Força Adaptativa (ABF). As técnicas MM/PBSA e ABF podem ser utilizadas para calcular os valores de energia livre de ligação entre o scFv de M971 e o CD22, a fim de comparar com os resultados experimentais obtidos por Ereño-orbea e colaboradores (5). Assim, tem-se a possibilidade de validar a proposição da mutação Y52R, descrita como favorável para aplicação em scFv de CARs Bi específicos anti-CD19/CD22. As técnicas mencionadas estão ligadas a simulação de Dinâmica Molecular (DM). Nesse trabalho, vamos usar MM/PBSA pra primeira análise de diferenças de afinidade.