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Neste trabalho, estamos avaliando o desempenho das técnicas de Kato-Katz, Helmintex (HTX), PCR-ELISA e PCR em tempo real (qPCR) para o diagnóstico da esquistossomose intestinal nas populações de Malacacheta, MG e Conde, BA. Na população de Malacacheta, vinte e duas amostras (22/400) foram positivas pela técnica de Kato-Katz, 66/400 amostras foram positivas pelo PCR-ELISA e 67/400 apresentaram resultados positivos pelo qPCR, resultando taxas de positividade de 5,5% (3,4-8,3), 16,5% (12,8-21%) e 16,75 % (13-21,3), respectivamente. O PCR-ELISA e o qPCR apresentaram sensibilidade de 96% e especificidade de 92% e 94%, quando aplicado em amostras de fezes da população de Malacacheta. A acurácia obtida pelo qPCR (94%) foi discretamente maior que a do PCR-ELISA (92%), mas sem diferença estatisticamente significante (p= 0,77), baseado na análise de classes latentes. Em razão de falta de estabilidade dos reagentes, não foi possível aplicar o PCR-ELISA nas amostras de urina da população de Malacacheta. Das 400 amostras de urina 24 (6%) e 18 (4,5%) foram positivas para a presença de DNA de S. mansoni pelo PCR convencional (cPCR) e pelo qPCR, respectivamente. As taxas de sensibilidade obtidas, usando amostras de urina, foram de 6% pelo cPCR e 13% para o qPCR. O estudo está em andamento na população de Conde, BA. Nesta população, 93/271, 115/254 e 56/241 amostras de fezes foram positivas pela técnica de Kato-Katz, HTX e qPCR, resultando em taxas de positividade de 34,3%, 45,3% e 23,2%, respectivamente. Os resultados obtidos por este estudo poderão embasar tomadas de decisão para a incorporação de novas técnicas de diagnóstico da esquistossomose intestinal pelo Ministério da Saúde.